Olá Silas,
quando a saída do PyCharm não é adequada, ele não exclui o arquivo .lock.
esta é a resolução do problema:
1) encontre o arquivo .lock:
> sudo find -iname .lock | grep PyCharm
./.var/app/com.jetbrains.PyCharm-Community/config/JetBrains/PyCharmCE2023.2/.lock
2) copie o caminho e exclua o arquivo .lock
> sudo rm -rf ./.var/app/com.jetbrains.PyCharm-Community/config/JetBrains/PyCharmCE2023.2/.lock
3) e execute o PyCarm.. se estiver instalado como aplicativo flatpak – no terminal você pode executá-lo pelo comando:
flatpak run com.jetbrains.PyCharm-Community
.. ou clicando em PyCharm em Programas