Bom dia Nathan.
1- Dentro da pasta onde contem os arquivos javascript, abra o terminal e escreva:
node < nome do arquivo > .js
ex.:
arquivo calculadora.js
node calculadora.js
este comando executará todo o conteúdo dentro do arquivo.
2- Uma outra alternativa é baixar a extenção pro vsc : Code Runner
ele serve para executar qualquer linguagem de programação, seja por atalho ( CTRL + ALT + N ) ou por click ( ele tem um iconezinho de play em cima do editor de texto )